为了进一步贯彻落实《广东省委省政府关于全面深化科技体制改革加快创新驱动发展的决定》与《广州南沙新区发展规划》的精神，充分发挥科技创新支撑引领作用，更好地满足珠三角以及港澳地区高校、企业对国家超级计算资源的需求，南沙区政府与广州市科学技术局决定共同建设广州超算南沙分中心。2014年12月，国家超级计算广州中心与广州市香港科大霍英东研究院就粤港共建南沙分中心达成合作框架协议，南沙分中心落户广州市香港科大霍英东研究院，成为全国首个通过“点对点”跨境专线联通内地和港澳地区的高性能计算和数据处理服务平台，为两地科研发展和成果转化提供关键技术支撑和服务。

南沙分中心于2016年9月正式投入使用，目前已经服务过港澳及海外两百余个科研用户团队，港澳及海外科研团队通过南沙分中心付费长期使用“天河二号”超级计算资源数已超过2.5亿核时，在材料化学、生物医药、工程机械仿真计算、气候模拟与海洋环境、金融计算等诸多领域开展科学研究。用户科研团队包括香港科技大学、香港大学、香港中文大学、香港理工大学、澳门大学等港澳及海外院校。

南沙分中心作为超算对接港澳的服务窗口，以南沙分中心为连接点，广州与香港之间建设了高速“点对点”光纤网络专线，这是全国首个具备将超级算力直通香港的网络专线，填补了香港无世界领先水平高性能计算的空白。通过南沙分中心，港澳用户即可方便快捷地使用“天河二号”超算资源。